Fundusz Spójności jest instrumentem polityki strukturalnej Unii Europejskiej z perspektywy finansowej 2000 – 2006, lecz nie zalicza się do funduszy strukturalnych.

Pomoc z Funduszu Spójności ma zasięg krajowy, a nie regionalny (jak w przypadku funduszy strukturalnych). Celem nadrzędnym funduszu jest wzmacnianie spójności społecznej i gospodarczej Unii poprzez finansowanie dużych projektów tworzących spójną całość w zakresie ochrony środowiska i infrastruktury transportowej. Pomoc Unii Europejskiej dla sektora środowiska i sektora transportu odzwierciedla filozofię trwałego i zrównoważonego rozwoju. Polega ona na zwiększaniu produktywności i konkurencyjności gospodarki głównie poprzez rozwój infrastruktury transportowej, lecz zarazem nie kosztem środowiska i jego zasobów, a przez to - kosztem przyszłych pokoleń.

ISPA czyli Przedakcesyjny Instrument Polityki Strukturalnej w Polsce (Instrument of Structural Policies for Pre-Accession) był jednym z trzech obok (Phare i SAPARD) instrumentów przedakcesyjnej pomocy Unii dla 10 państw kandydujących. Podstawowym jego celem było wsparcie spójności gospodarczej i społecznej poprzez współfinansowanie dużych projektów inwestycyjnych w sektorze środowiska i transportu. 1 maja 2004 r., po wejściu Polski do Unii Europejskiej, fundusz ISPA zakończył swoje funkcjonowanie w naszym kraju. Wszystkie projekty które zyskały możliwośc dofinansowania w ramach ISPA a nie zostały zakończone realizowane są w ramach Funduszu Spójności.

W perspektywie finansowej 2007 – 2013 Fundusz Spójności został włączony w ramy funduszy strukturalnych. Projekty realizowane w ramach FS 2000 – 2006 są wdrażane według dotychczasowych zasad.